Die Malschule befand sich ursprünglich im Goetheanum-Gebäude und bestand aus Teilzeitklassen, die von verschiedenen Künstlern unterrichtet wurden. Als in den 1960er Jahren das Atelierhaus, Brosiweg 41, gebaut wurde, zog die „Goetheanum-Malschule“ dorthin um. Sie bestand danach aus zwei getrennten Schulen, die von den Malern Beppe Assenza (1905-1985) und Gerard Wagner (1906-1999) geleitet wurden.
Viele Jahre lang waren Gerard Wagner und Elisabeth Koch – zusammen mit ihrem Kollegen Erwin Thomalla – die Hauptlehrer der „Wagner-Schule“. Nach dem Tod von Gerard Wagner im Jahr 1999 und der Pensionierung von Elisabeth Wagner-Koch wurde die Verantwortung für die Schule an Caroline Chanter weitergegeben.
Zu Michaeli 2015 änderte sich der Name der Schule in „Rudolf Steiner Malschule“. Die Schule hat ihren internationalen Charakter beibehalten und zieht Schüler aus aller Welt an. Der Unterricht wird in Englisch und in Deutsch erteilt.